自2023年10月1日起，日本站卖家的合规发票上需要有日本消费税注册号。根据日本国税厅的要求，已申请JCT税号的企业需要在首个JCT生效财年结束后的前两个月提交首次申报。比如说，卖家是在2023年1月1日-12月31日这个时间段下的号，就需要在次年，也就是今年的3月前完成第一次申报。
JCT申报周期
日本JCT的申报首次为年报，申报1次。申报截止时间为纳税期截止之日起2个月内提交（也就是2月28日）。此后会根据企业前一年的纳税额，税局可能会要求按月/季度/半年的频次预缴税金，卖家可以主动根据前一年的纳税总额主动向税局提起消费税申报频次变更申请。
日本JCT申报流程
1、准备必要文件
在提交申报前，需要准备一系列必要的文件，例如发票、装箱单、运输文件等。这些文件通常需要翻译成日文，以确保日本海关能够理解并处理申报。
2、选择正确的海关流程
根据商品性质和进口或出口的具体情况，选择合适的海关流程。这可能涉及到一般进口、特殊监管区域、设施区等不同的流程。
3、申报流程
代理机构会帮助企业填写申报表等相关信息，提交给日本海关；确保所有信息的准确性非常重要的。
4、征收关税
根据商品的分类和价值，可能需要征收相应的关税。代理机构需要了解关税税率，并确保在申报过程中正确计算和征收关税。
5、申报完成后日本海关申报进行审核
机构需要配合并确保申报的合规性。如有需要，可能需要提供额外的文件或信息。
6、物流处理
顺利通过报关后，商品可以顺利进出日本。代理机构需要确保与物流公司的协调，以保证商品的顺利运输。
申报方式与缴纳税金
日本JCT申报分为简易申报和标准申报，基准年内销售额在5000万日元（含5000万）以下的企业选择简易申报即可。
简易申报税金=净销售额*10%- 基础税金*核对成本率（零售业为80%）;
标准申报税金=销售产生的JCT-清关时缴纳的JCT-亚马逊相关费用中的JCT（亚马逊相关费用包括但不限于运输费和仓储费）;
例如一个企业基准年内销售额为1000万元，税金为100万日元，假设企业有效的进项单据有限，进项税加总后抵扣税金金额为50万日元，那么企业按照标准凭票抵扣方式申报的税金是50万日元，按照简易申报的税金是20万日元。
需要注意的是，根据日本国税厅“令和6年度税制修改大纲”，从2024年10月1日起，日本境内的跨境企业卖家，将不再适用JCT简易申报模式。
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