日本公司注册时有经验的行政书士都会提前告知，如果注册资本低于1000万日元可以免2年的消费税（现行日本消费税税率是百分之十）如果第一年公司销售额不超过1000万日元，那么第三年的消费税也是可以免除的。
在日本公司注册时公司章程制定的事业年度决算时间也是非常考究的，日语称作年终决算（相当于中国的年审，但是和中国年审不同的是中国是统一1月开始统一12月结束，而日本公司的年终决算时间是公司注册时由自己决定的）而此时的决算时间最好选择在注册时的前一个月份，而千万不需要事业年度时间必须开始为1月。举个例子，日本公司注册时间为9月份，公司的年终决算可以最晚选择在8月，而不是必须选择为1月，这样也是可以为公司的决算次数从第一次开始降低了频率，为日本公司的成本支出减轻了小小的负担。
日本的税种：
1、法人税：也叫公司所得税或者公司税，每一年略有调整。而且注册资本金是否高于一亿日元公司所承担的法人税税率也不同。
2、消费税：现行日本消费税是10%。
实付消费税=营业额的消费税-课税采购的消费税-课税经费的消费税；
新成立公司注册资本金低于1千万日元拥有2年免除消费税资格；
并且第一年销售额不超过1千万日元第三年也拥有免除消费税资格。
3、源泉所得税
征税所得包括利息所得、分红所得、不动产所得、薪金所得、退职所得、事业所得、转让所得、山林所得、临时所得、杂项所得等。对居住者，以上述全部所得为征税对象，对非居住者，只就来源于日本的上述所得为征税对象。
4、登陆免许税
顾名思义，登录免许税就是「登录＆免许」的税金，也就是进行「名义转移登记以及商标、专利、国考资格登录」以及「各项事业的执业许可」的时候，大约包括50多项跨越各式各样不同种类与不同行业的一种税金。
5、法人住民税（注意：即使公司亏损也要缴纳法人居民税以及法人县民税，日语叫做均等割）
注册资本金1千万日元以下公司是7万日元/年；
注册资本金1千万日元以上公司是18万日元/年。
6、法人事业税
所得利润400万日元以下：税率5.5%左右；
所得利润400万-800万之间：税率7.9%左右；
所得利润800万日元日上：税率10.3%左右。
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